银屑病涂卡泊三醇发疼可能是因为以下几个原因：

1. 皮肤过敏：卡泊三醇是一种维生素D3类似物，对于某些人可能会引起过敏反应，导致皮肤发痒、发红或发疼等不适症状。

2. 不当使用：如果使用方法不当，如涂抹量过多、频次过高或涂抹部位过敏等，也可能导致局部皮肤发痛。

3. 病情加重：如果使用卡泊三醇后发现疾病症状明显加重，可能是该药对当前病情无效，反而产生了负面的效果。

针对卡泊三醇发疼的问题，需要根据具体情况进行处理。在医生指导下逐步调整使用剂量和时间，同时观察和记录使用效果及不良反应。如果症状持续或加重，建议立即停止使用并咨询医生，寻求更合适的治疗方案。